V roce 2000 společnost PKS stavby a.s. zavedla a certifikovala systém řízení jakosti podle normy ČSN EN ISO 9002, který byl v roce 2003 upraven a certifikován podle normy ČSN EN ISO 9001:2001. Poslední certifikace proběhla v lednu 2013.
Organizace zároveň zavedla a udržuje systém enviromentálního managementu splňující požadavky ČSN EN ISO 14001:2005
Systém managementu bezpečnosti a ochrany zdraví při práci splňující požadavky ČSN OHSAS 18001:2008
Základní přístup společnosti PKS stavby a.s. k oblasti řízení jakosti je formulován v Politice kvality.